Untuk mencapai tujuan pembangunan yang tertuang dalam Visi, dijabarkan secara konkrit ke dalam lima Misi Pembangunan Jangka Menengah Daerah Kabupaten Alor 2019-2024, sebagai berikut :

• Misi 1 : Mewujudkan kesejahteraan dan ketahanan ekonomi masyarakat dan daerah dengan mengoptimalkan pemanfaatan potensi sumberdaya alam;
  Kabupaten Alor memiliki berbagai potensi sumber daya alam yang melimpah dan dapat dimanfaatkan secara optimal untuk meningkatkan ekonomi masyarakat.Karena itu misi ini diarahkan sebagai penggerak utama pembangunan daerah melalui optimalisasi pemanfaatan sumber daya alam di bidang ketahanan pangan, pengembangan pariwisata, dan sektor industri kecil menengah dalam rangka mewujudkan kesejahteraan dan ketahanan ekonomi.
• Misi 2 : Mewujudkan sumber daya manusia yang sehat, kreatif, cerdas, berakhlak mulia dan tanggap terhadap perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi;
  Misi ini dimaksudkan untuk menciptakan kualitas sumber daya manusia yang sehat, kreatif, cerdas, berakhlak dan berdaya saing tinggi melalui peningkatan kualitas penyelenggaraan pendidikan dan kesehatan agar mampu berpartisipasi dalam pembangunan di berbagai bidang.
• Misi 3 : Mewujudkan pembangunan sarana dan prasarana yang representatif di wilayah strategis, wilayah perbatasan dan wilayah terisolir yang berwawasan lingkungan;
  Misi ini dimaksudkan untuk menyediakan dan meningkatkan kualitas infrastruktur secara merata untuk mendukung pelayanan publik, aktivitas social ekonomi,disamping meningkatkan aksesibilitas ke wilayah perbatasan, dan terisolir yang berwawasan lingkungan.
• Misi 4 : Mewujudkan tatanan kepemerintahan yang demokratis, transparan, akuntabel, professional dan pemerintahan yang bersih;
  Misi ini dimaksudkan untuk memperkuat struktur birokrasi dalam penyelenggaraan pemerintahan yang efektif, bersih, jujur, transparan dan akuntabel yang didukung oleh sumber daya aparatur yang professional dan sistem kelembagaan yang efisien.
• Misi 5 : Mewujudkan hubungan sosial kemasyarakatan yang harmonis, partisipatif dan berlandaskan nilai-niliai agama, adat dan budaya;
  Misi ini dimaksudkan untuk menciptakan relasi social kemasyarakatan yang harmonis dengan berlandaskan nilai-nilai agama, adat dan budaya sehingga kerukunan hidup masyarakat terus terjaga di Kabupaten Alor.